- 2000年4月，中国科学院沈阳应用生态研究所开始筹建“辽宁有机食品发展中心”；
- 2002年5月，通过工商局注册，并正式更名为“辽宁方园有机食品认证有限公司”。
- 2002年7月，获得原“国家有机食品认可委”（隶属于原国家环保部）批准，开始试运行，并正式开展有机产品认证业务；
- 2003年，国家设立统一认证认可制度，原国家质检总局组建国家认证认可监督管理委员会（CNCA），2004年9月，FOFCC成为第一批获得国家认证认可监督管理委员会审批的有机产品认证机构，批准号为：CNCA-R-2004-122。并于同年向中国合格评定国家认可委员会（CNAS）提交了认可申请；
- 2004年8月成为国际有机农业运动联盟(IFOAM)的会员；
- 2005年12月，顺利获得中国合格评定国家认可中心（CNAS）认可；
- 2005年8月，为了改善办公条件，努力实现政企分开、客观独立，FOFCC从中科院沈阳生态所办公楼内迁出至沈阳市丽阳大厦独立运营至今；
- 2005年，注册成为中国认证认可协会（CCAA）的会员单位；
- 2008年，与拉丁美洲最大的有机产品认证机构IBD签订分包合作协议，在中国大陆境内，分包IBD欧盟、美国等标准的有机产品认证业务；
- 2010年7月，FOFCC开始走出国门开展国际认证业务，至今已经先后派遣检查员前往泰国、巴基斯坦、印度尼西亚、外蒙古、俄罗斯、韩国、巴西等国家实施进行中国有机产品标准认证工作；
- 2014年11月，首次接受IOAS（国际有机及可持续认可委员会）的办公室评审和现场见证评审；
- 2017年7月，FOFCC办公室搬迁至沈阳市中粮广场，办公区域扩大的2.5倍，发展也迈上了一个新的台阶；
- 2019年，与台湾宝岛有机农业发展协会（FOA）签订了分包合作协议，在中国大陆合作开展台湾有机标准认证业务；
- 2021年7月，与韩国最大的有机产品认证机构DCOK签订了分包合作协议，在中国大陆开展韩国有机标准认证业务；
- 2021年11月，FOFCC获得日本农林水产省的批准，正式获得日本JAS有机产品认证资格；
- 2023年6月16日，经过加拿大食品检验局（CFIA）批准，国际有机认可服务中心（IOAS）正式向FOFCC颁发了加拿大有机产品认可证书，获得FOFCC认证的有机产品可以依法使用COR认证标志，并出口至加拿大。同时，根据加拿大和美国政府的有机法规等效性协议，已经获得加拿大有机认证的有机产品，可以使用美国农业部（USDA）的有机标志，并可以直接出口至美国。
