ภายใน FOFCC แบ่งหน่วยงานตามหน้าที่เป็น 4 ฝ่าย ได้แก่ ฝ่ายจัดการออกใบรับรอง ฝ่ายควบคุมคุณภาพ ฝ่ายทรัพยากรบุคคล และฝ่ายบริหารทั่วไป **ฝ่ายควบคุมคุณภาพ**: รับผิดชอบติดตามตรวจสอบคุณภาพการผลิตและการแปรรูปออร์แกนิกของหน่วยรับรอง จัดทำ แก้ไข และดูแลเอกสารระบบคุณภาพภายใน จัดเก็บเอกสารเทคนิค รับคำร้อง คำอุทธรณ์ และคำร้องเรียน **ฝ่ายจัดการออกใบรับรอง**: รับผิดชอบวางแผนและสั่งงานตรวจประเมินมอบหมายผู้ตรวจประเมินลงพื้นที่ตรวจสอบและเก็บตัวอย่างที่จำเป็น ตรวจทบทวนรายงานตรวจประเมินและเอกสารข้อมูลที่เกี่ยวข้อง ก่อนนำเสนอต่อคณะกรรมการเทคนิค ออกใบรับรอง ใบรับรองการจำหน่าย หรือฉลากติดตามป้องกันการปลอมแปลงออร์แกนิก (รหัสออร์แกนิก) ให้กับหน่วยผลิต หน่วยแปรรูป และผลิตภัณฑ์ที่ผ่านเกณฑ์รับรองตามขั้นตอนการจัดการ **ฝ่ายทรัพยากรบุคคล**: รับผิดชอบจัดการทรัพยากรบุคคล ดูแลเว็บไซต์ FOFCC ประจำวัน เผยแพร่ข้อมูลการรับรอง แลกเปลี่ยนข้อมูลทั้งในและต่างประเทศ จัดฝึกอบรมเทคนิคภายใน และดำเนินงานวิจัยร่วมมือ **ฝ่ายบริหารทั่วไป**: รับผิดชอบรับคำขอรับรองออร์แกนิก จัดเก็บแฟ้มประวัติบุคคลและเอกสาร จัดการการเงิน และสนับสนุนด้านพัสดุและสิ่งอำนวยความสะดวก FOFCC ยังจัดตั้ง **คณะกรรมการบริหาร** เพื่อให้การรับรองมีมาตรฐานและเป็นธรรม สมาชิกคณะกรรมการประกอบด้วยผู้เชี่ยวชาญด้านเกษตร ผู้เชี่ยวชาญด้านสิ่งแวดล้อม ผู้แทนหน่วยกำกับดูแล ผู้แทนผู้บริโภค และผู้แทนหน่วยงานที่ได้รับใบรับรองจาก FOFCC ไม่มีฝ่ายใดมีอำนาจครอบงำ คณะกรรมการไม่เข้าไปจัดการงานประจำของบริษัท มีหน้าที่เฝ้าดูการตัดสินใจสำคัญเท่านั้น จุดมุ่งหมายคือทำให้กิจกรรมรับรองของ FOFCC เป็นไปตามระเบียบ เป็นธรรม และเท่าเทียมกัน หน้าที่หลักดังนี้ (1) กำกับดูแลให้ FOFCC ปฏิบัตินโยบายและกฎหมายที่เกี่ยวข้องกับการรับรองอาหารออร์แกนิกของสำนักงานคณะกรรมการรับรองและยอมรับแห่งชาติจีน (2) รวบรวมความคิดเห็นจากทุกภาคส่วนเกี่ยวกับงานรับรองผลิตภัณฑ์ออร์แกนิกของ FOFCC เสนอแนะและมาตรการแก้ไขปรับปรุงงาน (3) กำกับดูแลว่า FOFCC ดำเนินงานรับรองตามระเบียบ เป็นธรรม เท่าเทียม และมีความเป็นอิสระหรือไม่ (4) มีสิทธิ์ระงับการกระทำผิดของ FOFCC และพนักงาน รวมถึงแจ้งเหตุไปยังสำนักงานคณะกรรมการรับรองและยอมรับแห่งชาติจีน