FOFCC内部按职能设有四个部：颁证管理部、质量控制部、人力资源部、行政部。
质量控制部 负责对认证单位有机生产、加工质量跟踪审查；内部质量体系文件的制定、修改及管理；技术档案管理；受理申、投诉等。
颁证管理部 负责制定下达认证检查任务，指派认证检查员到现场检查，采集必要的样品；复核认证检查报告及相关的信息资料后报技术委员会。对符合认证标准的生产、加工单位及产品按管理程序颁发认证证书、销售证书或有机防伪追溯标签（有机码）。
人力资源部 负责人力资源管理；FOFCC网站的日常管理；公开认证信息；国内外信息交流；内部技术培训；开展合作研究
行政部 负责受理有机认证申请；人事档案、文件管理；财务管理；后勤保障。
FOFCC另设管理委员会确保认证的规范性、公证性。管理委员会成员由农业专家、环保专家、监管部门代表、消费者代表以及FOFCC获证企业代表组成，任何一方都不占支配地位，不参与公司具体事务，只对重大决策监控。其宗旨，确保FOFCC认证活动规范、公正、公平。主要职责如下：
（1）监督FOFCC贯彻、执行国家认监委有机食品认证管理方面的政策、法规情况。
（2）收集社会各方面对FOFCC有机产品认证工作的反馈意见，对FOFCC认证工作提出整改建议和整改措施。
（3）监督FOFCC是否规范、公正、公平、独立地开展认证工作。
（4）对FOFCC及工作人员“违规行为”有制止和向国家认监委反映情况的权利。